1.縄文人ゲノム解析から見えてきた東ユーラシアの人類史（石田 肇, 木村亮介)
東京大学と金沢大学を中心とする日本のゲノム研究者グループに琉球大学の研究者も参画し，それにコペンハーゲン大学･ダブリン大学の研究者が加わる国際共同研究チームが，愛知県伊川津貝塚遺跡出土の縄文人骨の全ゲノム配列を解析した。
その結果，縄文人は，アフリカ大陸からヒマラヤ山脈以南を通り，ユーラシア大陸東端に到達した最も古い系統の一つであることが明らかになった。
本研究の成果は，日本列島･本州に約2千500年前に縄文文化の中を生きていた人が，約2万6千年前より以前に，東南アジアにいた人類集団から分岐した｢東ユーラシア基層集団（東アジア人と北東アジア人が分岐する以前の集団）｣の根っこに位置する系統の子孫であることを明らかにした点にある。戻る↑
2. 沖縄県民の標準ゲノム配列情報の整備，および集団構造･集団形成史の解明（木村亮介, 石田 肇）
沖縄県出身者の全ゲノムシーケンスデータを得るとともに，既存のデータとの統合を推進した。
集団構造および集団形成史の解明に取り組み，とくに八重山諸島集団を中心とした解析を進めた。 戻る↑
歯，顔面，手などを対象に形態と関連する遺伝子多型の探索を進めている。
ゲノムワイド関連解析を進め，候補遺伝子領域の絞り込み，複数のサンプルセットにおけるメタ解析などを行なった。 戻る↑
4. 古代ゲノムで解明するバイカル地域人類集団の変遷（木村亮介, 石田 肇）
ロシアの研究機関と共同で，バイカル湖周辺における先史時代から現代にかけての人類集団の変遷を復元することを目的として，古人骨DNA解析を進めている。
新石器時代人骨から得られたDNAからライブラリーを作成し，次世代シーケンシングによりゲノムデータを得て，集団遺伝学解析を進めた。
主成分分析，ADMIXTUREを用いたクラスター解析，TreeMixを用いた系統樹解析，D統計量などを用いた解析の結果として，バイカル湖周辺の新石器時代人は，現代のシベリアを含む北アジア集団とも東アジア集団とも異なることが示された。
この結果から，後期旧石器時代および新石器時代以降における絶え間ない南北方向のヒトの拡散が示唆された。戻る↑
5. アジア太平洋地域におけるヒト皮膚形質の環境適応（木村亮介）
ヒトが拡散する過程で，新天地における紫外線量，温度，湿度といった物理環境およびそれに依存する微生物環境にヒトの皮膚は適応してきたと考えられる。
そこで本研究課題では，集団遺伝学的にアジアにおいて自然選択が働いてきたことが示された遺伝子変異と，顔面の水分量，油分量，ポルフィリン量，細菌叢などの皮膚形質との関連を調べた。
古代人類から受け継いだアリルが現生人類において正の自然選択を受けた痕跡がみられるPou2F3の周辺配列が皮膚形質と関連することなどが見いだされた。戻る↑
本学･狩俣繁久名誉教授との共同研究として，集団遺伝学的手法の言語データへの適用方法について検討し，解析を行なっている。 特に音韻データを解析し，言語の近縁関係や各単語の系統関係について検討している。戻る↑
本学戦略的研究プロジェクトセンターおよび細菌学講座が主体でとして進めるレプトスピラの環境DNA解析に共同研究者として参画した。
スリランカにおいて，農業用の灌漑水の環境DNA解析を行い，哺乳類などの動物からヒトに伝搬して感染症を引き起こす病原体レプトスピラのDNAを高感度で検出できることを示した。
さらに，レプトスピラと同時に検出される動物のDNAを調べることで，レプトスピラの感染源となっている動物の候補(スイギュウ，ジャコウネコなど)を推定した。戻る↑